Desde 2007, candidataram-se ao Programa ECOXXI 84 municípios de todas as Regiões do País, incluindo Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira. As Regiões Centro e Norte são as que mais participam.
Durante o período 2007-2016, a Região Centro é a que apresenta maior participação dos municípios no Programa (33,3%), seguida da Região Norte (22,6%); Região Algarve (13,1%); Lisboa e Vale do Tejo (10,7%); Alentejo e Região Autónoma dos Açores (8,3%), respetivamente; e Região Autónoma da Madeira (3,6%).
Na Região Centro, os municípios de Águeda, Cantanhede, Manteigas, Mealhada e Pombal destacam-se por continuamente apresentarem candidatura ao Programa ECOXXI, com resultados positivos e tendencialmente crescentes durante este período.
Nos últimos anos, novos municípios da Região têm vindo a apresentar candidatura. De destacar a prestação do município de Lousã que, desde 2013, regista uma pontuação sempre crescente, atingindo no ano de 2016 os 80%. Também o município de Leiria tem vindo a apresentar resultados muito positivos, registando desde 2014, pontuações sempre superiores a 70%.
Já na Região Norte destacam-se os municípios de Bragança, Maia, Macedo de Cavaleiros, Santo Tirso e Vila Nova de Gaia. Estes cinco municípios participam ininterruptamente no Programa ECOXXI com uma prestação positiva e tendencialmente crescente. O município de Águeda é aquele que registou uma evolução mais significativa, ainda que se tenha candidatado pela primeira vez em 2008 e apenas tenha obtido a sua primeira bandeira verde a partir de 2009. Evidencia-se igualmente a prestação dos municípios de Santo Tirso e de Vila Nova de Gaia, que se aproximam neste ano de 2016 dos 80%.
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