Na edição de 2016, candidataram-se ao Programa ECOXXI 46 municípios (+ 3 candidaturas do que no ano anterior). Quatro municípios candidataram-se pela primeira vez (Alvaiázere, Góis, Valongo e Vila do Bispo) e dois municípios retomaram a candidatura (Arouca e Loures). Os municípios de Abrantes, Aljezur e Vila Real de Santo António não renovaram a candidatura.
Em 2016, 93,5% dos candidatos foram galardoados com a bandeira verde ECOXXI 2016, ou seja obtiveram um índice igual ou superior a 50% (-3,5% do que em 2015). Cerca 68,0% pontuam acima dos 60% (+ 9,0% do que em 2015) e 28% dos municípios obtiveram pelo menos 70% (-2,0% do que em 2015). Aproximadamente 14,0% apresenta pontuação igual ou superior a 80% (+ 2,0% do que em 2015).
